從1939年開始，周恩來領導中共中央南方局在重慶紅巖開展了8年工作。在這段艱苦卓絕的革命斗爭時期，周恩來特別重視干部教育工作，其間舉辦了黨員干部訓練班開展黨性教育，干部在紅巖村的學習蔚然成風。至今，紅巖村半坡上有一間白墻草頂房，它留存著抗戰期間南方局干部學習的場景，記錄著干部訓練班卓有成效的工作，書寫著那段為民族獨立、人民解放奠定堅實思想和組織基礎而不懈奮斗的歷史。
　　“要在思想上組織上鞏固黨”
　　周恩來在《建設堅強的戰斗的西南黨組織》中提出了“要在思想上組織上鞏固黨，使西南黨成為真正的徹底的地下黨，成為群眾的黨”的目標。南方局堅持把思想建設放在首位，努力統一南方局及其各級組織和10萬黨員的思想認識，堅定革命意志，鞏固和發展組織，增強黨組織的戰斗力和共產黨員的先進性，經受住險惡嚴峻的政治考驗。1939年4月，在重慶機房街70號和紅巖嘴13號多次舉辦黨員干部訓練班，周恩來、董必武、博古、凱豐等輪流授課，黃文杰、廖似光是訓練班的組織者和負責人。對各省、特委領導干部進行馬列主義基本理論、黨的建設理論、黨的方針政策和革命氣節教育，研究總結統戰工作和秘密工作經驗。各省委、特委、邊區委也相繼舉辦了黨員干部訓練班。通過這些訓練班，對黨員干部提高馬列主義理論水平、適應國統區新的斗爭形勢、鞏固黨的組織起了重要作用。
　　在教育內容上，南方局根據黨在抗戰時期所處的環境、面臨的形勢和肩負的重任，重點加強了馬列主義教育與階級教育，使黨員干部認識馬列主義與三民主義、民族統一戰線與階級斗爭、民族立場與階級立場的正確關系。為打牢理想信念的基礎，周恩來教育干部“要有確定的馬列主義的世界觀和革命的人生觀”，著力用馬克思主義理論武裝廣大黨員、干部的頭腦。在他的領導下，南方局帶領干部堅持自學馬列和毛澤東著作，通過《群眾》周刊向廣大黨員發出“學習、學習、再學習”的號召，指出：只有學好、用好革命理論，才能在狂風巨浪中站穩自己的腳跟，理解四周的環境，不迷失行動的方向和前途。
　　“要用革命的精神改造工作”
　　“要用革命的精神改造工作”，周恩來不斷以此告誡南方局的干部。南方局及其所屬組織和黨員干部，戰斗在國民黨統治區和淪陷區，身處復雜險惡的政治環境，隨時有被捕、坐牢甚至殺頭的危險；國民黨當局還常常以高官厚祿和腐朽生活方式來引誘腐蝕共產黨人，意志不堅定者隨時可能變節。對此，周恩來根據南方局干部所處環境特點，一方面注意引導大家深刻認識革命斗爭的復雜性和尖銳性，幫助干部從思想上作好應付突發事件的準備，做到臨危不懼，毫不動搖。皖南事變發生后，他對留在重慶堅持工作的干部反復地進行教育，不斷以無產階級的革命大節相勉勵。他說，要準備反動派搞突然襲擊，要準備犧牲，如果要犧牲，我們一塊犧牲。另一方面，他總是不失時機地宣講共產黨人在被捕后堅持斗爭的事跡，教育大家要保持革命氣節，敢于堅持真理，敢于堅持原則，敢于對敵進行斗爭。他給大家講陳鐵軍、周文雍夫婦在刑場上大義凜然的故事，組織學習季米特洛夫在法庭上不是受敵人審判、而是反過來審判敵人的大無畏精神。在周恩來的教育和激勵下，南方局廣大黨員無論形勢如何險惡，斗爭如何尖銳，都敢于堅持斗爭，充分體現了“視死如歸的無畏精神”。
　　周恩來領導南方局貫徹“蔭蔽精干，長期埋伏，積蓄力量，以待時機”十六字方針，幫助黨員干部樹立共產主義世界觀、人生觀和革命樂觀主義精神，引導他們深刻認識國統區斗爭的重要性和復雜性。要求黨員干部在同三教九流的各種人物接觸時，一定要如同“六月風荷”那樣“出淤泥而不染，同流不合污”，在任何情況下都必須保持共產黨人的高尚品格。要求工作在秘密戰線上的干部要像“天津蘿卜”白皮紅心，培養他們具有堅定的革命意志和信念。
　　“做一個好的領導者”
　　1943年4月22日，周恩來為在中共中央南方局向干部作報告而寫了“怎樣做一個好的領導者”的提綱，對南方局及所屬黨員隊伍提出要有堅持原則精神、要相信群眾力量、要有學習精神、要有堅韌的奮斗精神、要有高度的紀律性的嚴格要求。對那些分散在南方各地的黨組織和干部，特別是那些組織遭受破壞后與南方局失掉聯系的黨組織與干部，他們雖然身處逆境，但都通過各種途徑和方式認真地進行學習，提高素質。例如：1942年5月國民黨頑固派制造反共“南委事件”后，廣西省工委遭受嚴重損失，與南方局完全失去聯系，處于極其險惡之境地。但即便如此，省工委書記錢興仍然十分重視干部隊伍的質量建設，抓緊一切機會向他們進行教育。
　　南方局還根據中央《關于鞏固黨的決定》，加強黨員干部教育，整頓鞏固組織，提出了“使黨員成為隱蔽的、堅強得力的、與群眾有聯系并善于影響和推動群眾的干部”的條件和勤學、勤業、勤交友，職業化、社會化、群眾化“三勤三化”的要求，使黨的工作在人民群眾中扎下根、站住腳，有力地應對了時局的變化。
　　“太忙就擠，不懂就鉆”
　　“太忙就擠，不懂就鉆”，此話是周恩來提出，龍潛書寫在紅巖圖書館的學習座右銘。周恩來在擔任南方局主要負責人的日子里經常勉勵大家努力學習，追求革命真理。整風學習期間，他親自擔任南方局學習委員會和高級干部學習組的負責人，帶頭認真學習，有時常常忙得一天只能休息四五個小時，可他仍一刻也不放松學習，一有空就認真看書學習。1943年，抗日戰爭進入關鍵時期，在當時重慶異常復雜而極端險惡的環境下，開展艱苦卓絕斗爭的同時周恩來還把學習納入《修養要則》第一條，并開宗明義地寫到“抓緊學習”。
　　周恩來要求南方局機關以星期四為“黨日”或學習日，每逢這一天，機關中層以上領導干部都到紅巖村集中學習。周恩來和董必武還組織南方局干部每兩周舉行一次學習座談會，所有同志就自己業務問題，時事政治、經濟、文化、歷史、軍事等議題在會上作專題發言，借以交流學習、教育同志。此外，每半年舉行一次考試，成績好的則在壁報上展示鼓勵。皖南事變后，由于國民黨反動派的阻撓破壞，南方局與外界聯系少了，他們就組織干部擠出更多時間來學習《聯共黨史》《斯大林言論選集》《政治經濟學》《社會發展史》等。周恩來教誨干部：“要好好學習馬列著作和毛主席著作，要提高文化、鉆研業務，為以后形勢發展的需要做好充分準備。”
　　“紀律是我們的重要武器”
　　1941年10月，南方局成立以周恩來為組長、董必武為副組長的高級學習組，組織辦事處、報館和各省、特委主要負責人進行為期半年的學習。1942年2月，經中共中央批準，南方局又成立了由周恩來、董必武等20余人組成的學習委員會，將南方局機關、辦事處、《新華日報》館的干部，根據政治水平和文化程度分為高、中、普通三個小組，并按照學風、黨風、文風的順序，系統學習整風文件。當時對黨員干部的培訓學習要求非常嚴格，有30%的淘汰率。周恩來當年親自設計了一道題，無論是哪一級的干部都必須得做。題目：面對長期的監禁你如何做到不變節？材料寫了以后，南方局的常委周恩來、董必武、博古、吳玉章，包括組織部長等人要仔細閱讀，閱讀完之后還要作很多批示。批示完了以后逐個談話。一般在談話后都要回去重寫，寫完以后黨小組還要展開批評和自我批評。
　　“紀律是我們的重要武器”，周恩來經常強調紀律的重要性，不斷嚴格組織紀律，加強干部訓練和管理，有效地保證了紅巖精神的自覺養成。周恩來十分重視組織紀律，嚴格訓練管理。在他的領導下，南方局先后制定了《關于組織問題的決定》《秘密工作條例》《關于組織問題的緊急通知》等一系列文件和規章制度，并在實踐中不斷加以完善，對可能出現的情況都作了嚴格的規定。凡是違反這些規定者必須受到處罰，直到開除黨籍或解散組織。
　　在周恩來的領導下，南方局的干部教育卓有成效，培養了一大批具有高度的事業責任感和無私奉獻精神的黨員干部，有效地保證了南方局的戰斗力、凝聚力不斷提高和紅巖精神的最終形成。